Sungai Progo adalah salah satu sungai terbesar di Jawa, mengalir dari Jawa Tengah hingga bermuara di Daerah Istimewa Yogyakarta. Tepat dimana Desa Wisata Babakan berada. Menjadi batasan antara Kabupaten Bantul, Kabupaten Kulon Progo dan Kabupaten Sleman. Sungai Progo merupakan sungai terbesar di Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY), memiliki luas sekitar 2380 km² dan panjang 140 km. Sungai Progo berhulu di kaki Gunung Sindoro Jawa Tengah. Beberapa anak sungai yang mengalir di Sungai Progo diantaranya Kali Krasak dan Kali Bedog berhulu di Gunung Merapi, Kali Tangsi berhulu di Gunung Sumbing.
Padukuhan Babakan terletak di wilayah sekitaran laut, akan tetapi potensi bencana alam yang sangat berpengaruh di Padukuhan Babakan berasal dari Sungai Progo, karena sungai ini menjadi jembatan ketika terjadi tsunami.
Wilayah Babakan dulunya merupakan daerah yang memiliki sungai aktif dengan ciri ciri aliran sungai yang berpindah-pindah. Ada kalanya aliran sungai berpindah dan menutupi sebagian wilayah Padukuhan Babakan. Pada tahun 1968 sungai berubah menjadi daratan yang sangat luas atau biasa disebut pulo tengah oleh masyarakat Babakan. Kemudian masyarakat mengukur dan masing-masing mendapatkan bagian dari pulo tengah tersebut. Lahan yang sudah diukur akan diolah dan dimanfaatkan masyarakat untuk bercocok tanam. Tanaman yang biasa ditanam oleh masyarakat yaitu berbagai jenis tanaman keras seperti pohon kelapa, gayam, munggur dan aneka jenis tanaman palawija.
Burung Migran
Muara Sungai Progo terletak di wilayah Padukuhan Babakan menjadi tempat persinggahan sekitar 42 jenis burung yang sedang bermigrasi. Ribuan burung bermigrasi dari kawasan subtropis seperti Rusia dan Alaska menuju daerah selatan seperti Australia dan Selandia Baru. Dalam perjalanan burung tersebut transit beberapa waktu di Muara Progo. Burung yang datang jumlahnya mencapai kurang lebih 3000 ekor, singgah di Muara Progo setiap awal Bulan September hingga Akhir Mei. Musim dingin dan kurangnya sumber makanan menjadi faktor utama burung melakukan migrasi, sebagian burung juga berkembang biak di muara sungai.
Adanya aliran Sungai Progo dimanfaatkan masyarakat setempat sebagai pertambangan pasir, pencarian ikan dan irigasi. Luasnya lahan yang ada di bantaran Muara Progo dimanfaatkan warga sebagai lahan pertanian. Pemandangan yang indah, aliran sungai yang panjang serta kontur tepian yang memacu adrenalin dapat dimanfaatkan sebagai salah satu daya tarik wisata di Padukuhan Babakan. Aktivitas lainnya seperti memancing ikan dan berlayar naik perahu mengelilingi sungai.
